Psy Chihuahua wywodzą się z Ameryki Łacińskiej, gdzie były znane na wiele stuleci przed wyprawą Kolumba. W X wieku Amerykę Środkową zamieszkiwali Tolmekowie, poprzednicy Azteków, którzy hodowali psy zwane „techichi” – to właśnie od nich miały wywodzić się współczesne Chihuahua. Czworonogi były często grzebane wraz ze zmarłymi, aby pomóc im pokonać drogę w zaświaty. Aztekowie, którzy przyszli po Tolmekach, hodowali psy xolo pełniące podobne funkcje co techichi. Magiczna siła xolo została przypisana również Chihuahua, które stały się częścią obrządków religijnych Azteków. Zdarzało się, że psy były składane w ofierze bogom. W klasztorze w Huejotzingo, nieopodal miasta Meksyk, archeolodzy znaleźli figurki przedstawiające pieski łudząco podobne do Chihuahua.

Hodowla małych czworonogów rozkwitła w XIII wieku za panowania Azteków, aby prawie zupełnie zaniknąć po wyprawie Corteza około 1520r. Wraz z nadejściem konkwistadorów cywilizacja Azteków przestała istnieć. Liczebność populacji Chihuahua znacznie się zmniejszyła, niemniej pieski dotrwały do naszych czasów. Jedynym tego powodem był brak świadomości konkwistadorów, że chihi są psami magicznymi. Na co dzień czworonogi były wykorzystywane jako tępiciele szczurów.